Untuk mewujudkan visi madrasah tersebut, madrasah menetapkan misi MA PPMI Assalaam sebagai berikut :
- Menumbuhkan budaya ilmiah dan semangat berprestasi.
- Mengintegrasikan ilmu alam, sosial dan nilai-nilai keislaman.
- Menumbuhkan kesadaran religius dalam perspektif rahmatan lil’alamin.
- Mewujudkan madrasah yang berkualitas sebagai tempat bertafaquh fiddin.